La Reserva Biológica Colonso Chalupas (RBCC), ubicada en la región amazónica de Ecuador, alberga una alta riqueza de biodiversidad que incluye numerosos linajes evolutivos en reptiles aún poco estudiados. Esta investigación se centra en evaluar si la diversidad filogenética de los linajes de reptiles ha sido subestimada, analizando su variabilidad genética y complejidad evolutiva, y comparando la diversidad de los reptiles en los ecosistemas de bosques de neblina y tierras bajas presente en la RBCC. La diversidad filogenética es clave para entender las relaciones evolutivas midiendo las diferencias entre especies de una comunidad. Se lleva a cabo con un muestreo exhaustivo de reptiles en los diferentes ecosistemas de la RBCC obteniendo una amplia diversidad presente y a través de herramientas bioinformáticas para construir árboles filogenéticos que permitan visualizar relaciones evolutivas entre las especies de reptiles. Con las mediciones de la diversidad filogenética y análisis, nos permite comparar la diversidad entre los ecosistemas de neblina y tierras bajas evaluando las diferencias genéticas de los patrones de diversidad en cada ambiente. Esta investigación es crucial para ampliar el entendimiento sobre la diversidad filogenética de los reptiles en los diferentes ecosistemas de la Reserva Biológica Colonso Chalupas. Además, contribuye a llenar vacíos de conocimiento respecto a la presencia de especies crípticas y su complejidad evolutiva en un contexto ambiental crítico de los bosques de neblina y de tierras bajas. Nos proporciona datos fundamentales para la conservación y manejo de la biodiversidad en esta área protegida.