ANTECEDENTES
El análisis de microsatélites es esencial en la genética de conservación, proporcionando información crítica sobre la diversidad genética y estructura poblacional, mientras que la secuenciación genómica del cocodrilo americano (Crocodylus acutus) revela adaptaciones locales y amenazas como la hibridación y el comercio ilícito; la Tecnología Oxford Nanopore y el secuenciador MinION facilitan la secuenciación genética en tiempo real por su tamaño, asequibilidad y velocidad.
OBJETIVOS
Optimizar y estandarizar protocolos bioinformáticos para mejorar la secuenciación genética de Crocodylus acutus con la tecnología Oxford Nanopore y comparar su precisión con la tecnología Illumina.
MÉTODOS
Para realizar el análisis poblacional de Crocodylus acutus, se emplearán microsatélites previamente obtenidos y se llevará a cabo la secuenciación genómica utilizando el software MinKNOW v22.08.9, integrado con Guppy v5.0.11. Los archivos FASTQ generados por MinKNOW serán concatenados para evaluar la rendición del secuenciamiento. Para descartar secuencias con adaptadores en el medio de la lectura, se utilizará la herramienta Porechop, y NanoFilt permitirá filtrar por calidad con un umbral de Q>8. Las secuencias obtenidas también serán comparadas con los resultados obtenidos mediante la tecnología Illumina. Posteriormente, en la parte bioinformática, se utilizarán paquetes como QIIME2 y MOTHUR, entre otros, los cuales serán mejorados y estandarizados. Estos paquetes permitirán realizar un análisis detallado de la estructura poblacional y la interpretación genética de la población, proporcionando así una comprensión más profunda de la biodiversidad y la conservación del cocodrilo americano