El ecosistema manglar es una fuente de diversidad microbiana, donde se producen diferentes tipos de metabolitos. Estos microorganismos, como los endófitos, pueden tener utilidad en el tratamiento de aguas residuales y biorremediación. A pesar de la importancia del bosque de manglar y el potencial que puede tener, hasta la fecha no hay estudios respecto a las bacterias endófitas y su potencial de este ecosistema en Ecuador. Por lo tanto, el presente estudio busca caracterizar bacterias cultivables endófitas de los manglares de la comunidad de Bunche (Esmeraldas, Muisne) con potencial uso en biorremediación y tratamiento de aguas residuales. Para el aislamiento de microorganismos endófitos, se utilizarán muestras de raíces de los manglares Avicennia germinans y Rhizophora mangle. El aislamiento se realizará en un medio de cultivo básico de sales (MBS). Las cepas aisladas se caracterizarán tanto fenotípicamente como genotípicamente. Además, se evaluará su potencial biotecnológico mediante pruebas de reducción de perclorato, resistencia a metales pesados (níquel y plomo) y actividad enzimática hidrolítica. La presente investigación busca establecer que los manglares de Bunche son un importante depósito de bacterias endófitas, que pueden tener un potencial significativo para ser utilizadas en la biorremediación y tratamiento de aguas residuales.