La guanábana (Annona muricata L.) es una fruta tropical que se encuentra ampliamente distribuida en las zonas tropicales de América incluyendo Ecuador, donde se ha convertido en una fuente importante de recursos económicos para los agricultores. Sin embargo, su producción se ha visto afectada por la presencia de hongos fitopatógenos como Corticium koleroga, Fusarium spp., Colletotrichum spp., entre otros conduciendo al uso de fungicidas. Actualmente, el interés de control biológico de enfermedades en las plantas está en constante aumento, con el propósito de disminuir la necesidad de productos químicos que pueden tener impactos adversos en el ecosistema. Este estudio tuvo como principal objetivo analizar el potencial antagónico de dos cepas Trichoderma spp. aisladas y una cepa de Trichoderma comercial frente a patógenos que son el principal problema en cultivos de guanábana. Se recolectaron muestras en la Finca Agroecológica Yolita de la provincia de Napo y se identificaron hongos patógenos del suelo, hojas y frutos. Se espera que las cepas de Trichoderma demuestren antagonismo ante fitopatógenos debido a su amplia distribución, alta eficacia, capacidad para combatir una amplia variedad de enfermedades y su facilidad de aislamiento y cultivo. Estos hallazgos son el punto de partida para comprender las asociaciones de hongos patógenos con los cultivos de guanábana.