Las tortugas gigantes de Galápagos (Chelonoidis spp.) desempeñan un rol fundamental en la ecología y economía del archipiélago, y actualmente, las doce especies existentes se encuentran amenazadas. Los microorganismos asociados a las superficies externas de los animales representan una parte importante del microbioma animal, y tienen la capacidad de afectar su salud. En los caparazones de las tortugas gigantes de Galápagos frecuentemente se encuentran áreas blanquecinas en las que se ha detectado la presencia del hongo Aphanoascella galapagosensis. Aunque se identificó a este microorganismo, existe escasa información sobre la diversidad microbiana en el caparazón de estas tortugas. Por este motivo, el objetivo de esta investigación fue identificar el microbioma bacteriano en los caparazones con y sin presencia de este hongo en tres especies de tortuga gigante. Se utilizó tecnología de secuenciación de última generación a base de nanoporos (Oxford Nanopore Technologies) para examinar los microbiomas bacterianos asociados a las tres especies de Chelonoidis spp. Se examinaron muestras de caparazón con y sin presencia de hongo en cada una de las tres especies. Bacterias de los filos Cyanobacteriota, Actinomycetota, Actinomycetota, Deinococcota y Bacteroidota fueron comunes a todos los individuos, mientras que el género Deinoccocus fue el más abundante en todas las muestras. Se encontraron diferencias significativas en el microbioma de caparazones con y sin presencia de hongo y entre la interacción hongo-especie, aunque existió una diversidad semejante en todas las muestras examinadas. Con estos resultados, se concluye que los individuos muestreados comparten un microbioma central que se encuentra de manera regular en el caparazón de las tortugas, independientemente de la especie de tortuga o la presencia o ausencia de hongo. A su vez, la incidencia del hongo en los caparazones parece proporcionar un microecosistema único que permite el establecimiento de una composición microbiótica distintiva a los caparazones sin presencia de hongo.