El dengue es una enfermedad febril aguda, transmitida por mosquitos infectados con el virus del dengue (DENV), considerada entre las principales causas de morbilidad y mortalidad a nivel global. La epidemiología de infecciones arbovirales se ve influenciada por fluctuaciones ambientales propias del cambio climático. El estudio de metabolitos en el suero de pacientes infectados tiene como objetivo identificar biomarcadores para mejor comprensión de mecanismos fisiopatológicos y el desarrollo de herramientas diagnósticas. Para este estudio, fueron incluidas muestras de suero de 40 niños ente 0 y 17 años atendidos en el hospital de niños Dr. Roberto Gilbert, en Guayaquil. Las muestras fueron sometidas al diagnóstico molecular por RT-PCR y divididas en dos grupos: Dengue (N=25) y controles sanos (N=15). Se realizó la extracción de metabolitos del suero a través del protocolo de Glasgow Polyomics. Los metabolitos fueron analizados por cromatografía líquida de alta resolución acoplada a un espectrómetro de masas (UPLC-MS) y los datos obtenidos fueron analizados por estadística multivariada mediante análisis discriminante de mínimos cuadrados parciales (PLS-DA). Las masas de metabolitos con potencial biomarcador fueron atribuidas a moléculas en la plataforma Lipid Maps. Como resultado, el PLS-DA mostró una separación entre los dos grupos, además de indicar 14 metabolitos con mejores valores de importancia en la proyección de estas variables (VIP>2), responsables de la separación considerando los 5 principales componentes del PLS-DA. Se determinó concentraciones relativas más altas en 3 metabolitos en muestras de pacientes con dengue, mientas que 11 son más abundantes en muestras del grupo control. Estos metabolitos corresponden a diferentes clases de lípidos, como ácidos grasos, esfingolípidos, glicerolipidos, esterol y glicerofosfolipidos. El análisis metabolómico permitió la identificación de un panel de metabolitos de importante sensibilidad (AUC>0.8) para la clasificación basada en metabolómica en suero, contribuyendo al desarrollo de una herramienta diagnóstica accesoria, mejorando la práctica clínica.