OBJETIVO: Las Micobacterias no tuberculosas (MNT), son organismos oportunistas que afectan a pacientes inmunodeprimidos. En humanos, existen reportes de Micobacteriosis pulmonares y cutáneas. Estos microorganismos, también son denominados como micobacterias ambientales, pues se encuentran en suelos y agua, formando biofilms sobre distintos materiales, incluyendo las tuberías de abastecimiento de agua potable, lo cual representa un foco de infección para la población que consume agua directamente del grifo. El objetivo de la investigación fue identificar MNT a partir de fuentes de agua potable en Tena. METODOLOGÍA: Un total de 54 muestras, fueron tomadas en tres bebederos de 6 espacios públicos de la ciudad de Tena (EP del 1 al 6) de cada espacio, se lograron 3 repeticiones de 1000 ml de cada una. Las muestras fueron filtradas y cultivadas en medio selectivo para MNT. Las colonias aisladas se caracterizaron microscópicamente como bacilos ácido alcohol resistentes, y las especies se identificaron por secuenciación del gen 16S, usando la base de datos del GenBank y el software Mega, adicionalmente se evaluó la relación filogenética entre ellas. RESULTADOS: Se identificaron 29 cultivos positivos (53.7%), de los cuales el 34 % pertenecen al EP1, el 27,5% al EP2, el 20,6% al EP3, el 10,3% al EP4, el 6,8% al EP5, y 0% en el EP6. El 7,14% fueron micobacterias de crecimiento lento y las especies identificadas con importancia clínica son M. porcinum y M. senegalense, ambas asociadas a enfermedades en animales, y en niños y adultos que habían sido intervenidos quirúrgicamente. CONCLUSIÓN: Las fuentes de agua potable en espacios públicos incluidos en este estudio, pueden ser uno de los principales medios de contagio de MNT perjudiciales para la población inmunodeprimida e inmunocomprometidos, porque estos lugares son muy concurridos por la población en general.