El Ecuador ha perdido 87535 ha/año de bosque entre 2018-2020, ocasionando la fragmentación de los ecosistemas forestales y la heterogeneidad del paisaje. La fragmentación del hábitat impide la conectividad y por consiguiente el flujo de genes, provocando la pérdida de diversidad genética, la deriva genética y la endogamia de especies. Existen estudios que evalúan el grado de fragmentación de los bosques para realizar implicaciones sobre la diversidad biológica. Otras investigaciones evalúan la diversidad genética de especies vasculares de la lista roja de especies (LRE) UICN. Sin embargo, hasta el momento se desconoce empíricamente cómo la heterogeneidad del paisaje afecta al flujo de genes para aportar a planes de manejo y restauración forestal. Cedrela odorata L. es una especie forestal con alto valor de conservación y presión de uso, su estado de amenaza es vulnerable LRE y se encuentra en el Parque Nacional Cayambe Coca (PNCC) como relictos de bosques. El PNCC presenta una alteración severa de la cobertura natural, hecho que pudiera asociarse con una disminución de la variabilidad genética en las poblaciones de C. odorata. Esta investigación busca analizar el efecto de la fragmentación de los bosques sobre la diversidad a nivel genético de C. odorata en el PNCC entre los años 2020-2023. Se estimará la composición y configuración (heterogeneidad) del paisaje mediante el uso de métricas de paisaje con el programa Fragstat y SIG. Se identificará el grado de variación genética intraespecífica de C. odorata utilizando marcadores moleculares microsatélites y el programa GenAlEx. La correlación entre la heterogeneidad y la variación genética se efectuará con el paquete Genland en el programa R Project. Los resultados de la investigación permitirán generar planes de restauración de los ecosistemas forestales con énfasis en C. odorata, e implementar acciones de conservación de los bosques dentro y fuera del PNCC.