Las instituciones de educación superior se enfrentan a nuevos desafíos en un entorno cambiante que pone en evidencia la necesidad de responder a las demandas sociales, culturales y políticas de esta era, y, la imperiosa tarea de entender los procesos de enseñanza aprendizaje como dinámicos, cambiantes, poco convencionales y heterogéneos. En este contexto, la investigación tiene el propósito de identificar las metodologías que se van integrando en el proceso de enseñanza aprendizaje en educación a distancia y en línea y su aporte a la construcción de procesos didácticos innovadores que redefinen la educación superior. La investigación es de diseño descriptivo, con una muestra de 500 estudiantes de las modalidades a distancia y en línea de la Universidad Nacional de Loja; la recolección de la información se la hizo mediante una escala Likert. Se concluye que las principales metodologías que se integran al proceso de enseñanza y aprendizaje son activas enfocadas al desarrollo del pensamiento crítico, principalmente el aprendizaje por descubrimiento y aprendizaje basado en retos; y que estas se incorporan de la mano de las tecnologías de la información y comunicación, especialmente plataformas digitales para presentación de contenidos y de trabajo colaborativo.