El objetivo de este estudio fue determinar la calidad del agua y el estado ecológico de un tramo de la cuenca del río Blanco localizado en la provincia de Morona Santiago, convirtiéndose probablemente en uno de los primeros reportes en torno a las comunidades de diatomeas bentónicas que habitan esta área específica. Para lograr este objetivo, se realizaron muestreos en un tramo con una longitud de 3 km y un gradiente altitudinal de 500 m. Posteriormente se realizó la identificación taxonómica de los especímenes colectados a nivel de especie y se determinaron como parámetros descriptivos de la comunidad: la riqueza, el índice de equidad de Pielou y el índice de diversidad específica de Margalef. La calidad del agua se determinó mediante el índice de polusensibilidad específica (IPS). Nuestros resultados muestran que, aunque existe la presencia de actividades antropogénicas puntuales, existe buena calidad del agua, lo cual podría ser atribuible a las características geomorfológicas y climáticas de la zona donde el gradiente altitudinal permite la oxigenación permanente del agua, y es posible evidenciar valores altos en parámetros de precipitación y caudal.