Amblyomma es un género de garrapatas neotropicales, parasitan vertebrados terrestres, incluido el ser humano y son vectores de potenciales patógenos. En el Neotrópico se han realizado investigaciones para detectar patógenos en estas garrapatas, siendo el género Rickettsia el más reportado. La presencia de agentes Rickettsiales es poco estudiada en garrapatas del Ecuador. Con el objetivo de determinar molecularmente la presencia de agentes Rickettsiales en garrapatas del género Amblyomma, se analizaron ejemplares colectados en vegetación y fauna de 13 localidades. Las garrapatas fueron clasificadas morfológicamente a nivel específico. Para detectar Rickettsia spp. se extrajo el ADN y se realizó una PCR a modo de tamizaje que amplifica un fragmento del gen gltA. Posteriormente a las muestras positivas se les realizaron otras PCRs para amplificar un fragmento más largo del gen gltA, así como fragmentos de genes que codifican las proteínas ompA y ompB. Para determinar la presencia de Ehrlichia spp. se realizó una PCR de tamizaje para amplificar el gen 16S ARN ribosomal (ARNr) de la familia Anaplasmataceae. Luego, las muestras positivas fueron sometidas a otras PCRs para amplificar un fragmento mayor del 16S ARNr, así como del gen dsb. La identidad de las secuencias obtenidas se comparó mediante BLAST y se infirieron relaciones filogenéticas. Las garrapatas correspondieron a Amblyomma coelebs, Amblyomma maculatum y Amblyomma multipunctum. Se obtuvieron tres secuencias de “Candidatus Rickettsia andeanae” y una de Rickettsia parkeri en A. maculatum para los tres genes, así como dos secuencias diferentes de Ehrlichia sp. para el gen dsb en A. maculatum y A. coelebs. Se demuestra por primera vez en Ecuador la presencia de estas Rickettsias, siendo una reconocida como causante de rickettsiosis en humanos. Respecto a los hallazgos de Ehrlichia sp. en A. maculatum y A. coelebs se deben continuar los estudios a fin de caracterizarlas a nivel específico.