Las actividades de minería alrededor de la cuenca del Amazonas, han afectado la calidad del agua dulce, poniendo en riesgo la salud humana y del ecosistema. Dentro de la amazonia ecuatoriana específicamente en la provincia de Napo se han adjudicado varias concesiones en el castro minero, muchas de ellas cerca del río Jatunyacu, el cual será la zona de estudio de esta investigación. El número de concesiones mineras adjudicadas entre el 2020 y el año presente se estima en 152 concesiones. Donde la minería ilegal es abundante en terrazas fluviales, además del impacto ecológico que genera para las poblaciones de la zona. En estudios se ha demostrado que, debido al aumento de las actividades de minería, las concentraciones de los metales superan los niveles permisibles en el agua. Un ejemplo de ello es que metales como Cd, Pb, Zn, Cr superan los estándares de calidad encontrándose por encima del límite permisible de contaminación crónica a lo largo del río, siendo una amenaza para la población, pues el río Jatunyacu es la principal fuente de abastecimiento para las comunidades de YutzuPino. Para reducir las concentraciones de los metales pesados en el agua, se requiere de métodos menos invasivos con el medio ambiente una de estas herramientas es la biorremediación. La biorremediación se enfoca en el uso de microorganismos (hongos, bacterias) capaces de desarrollar mecanismos de tolerancia y resistencia ante las concentraciones de los metales. En este trabajo de tesis las actividades a realizar son: muestreo en la zona de estudio en el río Jatunyacu (Napo) cercano a la comunidad Yutzupino, aislamiento de microorganismos asociados a biorremediación, identificación macro y microscópica, caracterización molecular, aplicación de los microorganismos en cultivos mixtos o individuales, cuantificar los microorganismos aislados para determinar la efectividad de rendimiento de los inóculos a ser aplicados en el diseño experimental, evaluar la capacidad biorremediador de microorganismos prominentes, estableciendo un diseño experimental en bloques completamente al azar (DBCA) con los tratamientos resultantes de los microorganismos y concentraciones de los metales a biorremediar, analizar los resultados obtenidos mediante estadística descriptiva (ANOVA) y comparación de medias con pruebas paramétricas o no paramétricas según el caso (P < 0,05).