La minería aurífera es una parte fundamental de la matriz extractivista del país, lo que la ha convertido en una problemática común de los suelos amazónicos, especialmente en zonas rurales como Naranjalito- Tena. Localidad que destaca, por su presencia combinada de parcelas sin afectación minera, con biorremediación y con contaminación aurífera. Generando consecuencias ecológicas que afectan a la supervivencia de diferentes microorganismos, sobre todo a las bacterias asociadas al ciclo del nitrógeno, quienes muestran gran susceptibilidad a los elementos potencialmente tóxicos remanentes de la extracción. Sumado a ello, son estas bacterias quienes cumplen con el servicio ecosistémico de regulación que comprende el ciclo biogeoquímico del nitrógeno. Más es en los trópicos, donde se desconoce su alcance en la diversidad funcional y filogenética de los microorganismos nitrificantes, pues debido a su dinámica ecológica, estos tienden a proliferar. A pesar de esto, no existen estudios que evalúen la reorganización poblacional o la afectación a nivel de diversidad de las bacterias que cumplan con el proceso biogeoquímico “in situ”. Por lo que, el presente estudio se centra en la evaluación del impacto ecológico generado por la minería aurífera en la diversidad de comunidades bacterianas nitrogenadas de suelos amazónicos, contaminados, biorremediados o sin intervenir.