Theobroma bicolor es una especie amazónica con importancia nutricional, cultural y comercial; sin embargo, existe escasa información sobre los hongos fitopatógenos asociados a sus fases vegetativa y fructífera. Esta investigación evaluará la diversidad fúngica mediante técnicas de biología molecular en árboles ubicados en el laboratorio vivo de la Universidad Regional Amazónica Ikiam, Napo, Ecuador. Se recolectarán muestras de hojas y frutos con síntomas de enfermedad, y los aislados serán identificados mediante PCR y amplificación ITS, se determinará la riqueza de especies (S), correspondiente al número total de especies de hongos identificadas en cada fase fenológica. Asimismo, se calculará la abundancia relativa de cada especie. Se espera encontrar alta diversidad de géneros fitopatógenos, especialmente durante la fructificación, aportando información clave para el monitoreo y manejo fitosanitario de la especie.
Palabras clave: biología molecular, diversidad fúngica, fitopatógenos, PCR