La degradación del suelo en la Amazonía se ha intensificado progresivamente, debido a cambios en el uso y manejo del territorio, provocando la pérdida de carbono orgánico y alteraciones en los parámetros edáficos fundamentales para la fertilidad y el funcionamiento ecológico. En el Pueblo Kichwa de Rukullakta, donde coexisten bosques secundarios y sistemas agroforestales tipo chakra, aún no se dispone de evaluaciones comparativas que expliquen cómo ambos usos del suelo, influyen en el carbono orgánico del suelo (COS) y en la variación de parámetros edáficos. Esta ausencia de información limita la toma de decisiones para el manejo sostenible y la conservación del territorio. Por tanto, esta investigación tendrá como objetivo general evaluar el contenido de COS y su relación con pH, textura, densidad aparente, humedad gravimétrica y nutrientes N, P y K en chakras y bosques secundarios. Los objetivos específicos se centrarán en: (1) determinar cómo el tipo de uso del suelo influye en la dinámica del carbono y la disponibilidad de nutrientes; y (2) analizar la relación entre el COS y los parámetros edáficos en Chakra y Bosque secundario. La investigación se desarrollará mediante un diseño comparativo con parcelas de 20 × 20 m. Se extraerán muestras de suelo a tres profundidades (0–10, 10–20 y 20–30 cm), las cuales serán procesadas en laboratorio aplicando protocolos estandarizados. Posteriormente, los datos serán evaluados en RStudio mediante pruebas de significancia, análisis de correlación y modelos multivariados. Se espera que este estudio aporte insumos fundamentales para fortalecer el manejo territorial comunitario, mejorar prácticas productivas sostenibles y contribuir a estrategias de conservación aplicables en territorios indígenas amazónicos.