La fragmentación del hábitat amenaza la biodiversidad a nivel global al alterar la conectividad y reducir la disponibilidad de hábitat. Taxones con diversidad críptica, como el complejo Cedrela, son particularmente vulnerables, debido a que se subestima su verdadera diversidad. Este estudio integra la genética, la morfología y la ecología del paisaje para evaluar cómo la fragmentación afecta a los individuos del género Cedrela en el área protegida Parque Nacional Cayambe Coca (PNCC) ubicada al nororiente del Ecuador. Se recolectaron 63 individuos de 7 poblaciones. Para el análisis de la estructura del paisaje se empleó el paquete landscapemetrics en Rstudio, se calculó el área media de parche e índice de división. Para evaluar la permeabilidad de la matriz, se calculó el área de cobertura vegetal. Los individuos se identificaron molecularmente con genes de barcoding rbcl e ITS. El análisis del paisaje mostró una gran heterogeneidad, si bien el índice de división indicó una alta conectividad interna del hábitat boscoso (>0.83), el área media de los parches varió enormemente, desde fragmentos pequeños y aislados (<6.1 m²), hasta parches grandes y conservados (hasta 88.42 m²). La evaluación de la permeabilidad identificó matrices con permeabilidad moderada-baja y una matriz excepcional con permeabilidad alta. Los análisis preliminares del marcador molecular rbcL muestran un alto porcentaje de similitud (>95%) con secuencias de Cedrela odorata. Se están realizando análisis con el marcador ITS, además de una caracterización morfológica detallada, así como el uso de otras métricas de paisaje. La integración de herramientas espaciales y moleculares constituye la base para evaluar otras hipótesis sobre el efecto de la permeabilidad de la matriz del paisaje sobre la diversidad genética y mejorar así los instrumentos de conservación.