Las emisiones provenientes de las chimeneas de los buques que operan en el puerto marítimo de Guayaquil contribuyen a la contaminación atmosférica del estuario del Golfo. Esta investigación evaluó cómo las concentraciones de óxidos de azufre (SO₂) en la ruta naviera de las zonas portuarias pueden afectar la calidad ambiental de los ecosistemas de manglar. Se emplearon muestreadores pasivos, técnica económica y validada por la norma NMX-AA-074, para la determinación de flujos de azufre atmosférico. Los dispositivos se colocaron en campo según el uso de suelo, durante periodos de 22 a 30 días, y posteriormente se analizaron en laboratorio mediante espectroscopía UV-Vis, expresando los resultados en mg/L de SO₂. El análisis estadístico incluyó ANOVA de una vía y la prueba de Kruskal–Wallis para comparar grupos y periodos. Se observó una tendencia creciente en las concentraciones de azufre, con rangos entre 4,0 y 5,0 kg S/año. La prueba de Kruskal–Wallis indicó ausencia de diferencias significativas entre medianas (p = 0,783), mientras que en sitios con manglar los datos presentaron distribución homogénea (p = 0,1949). Se concluye que los buques que transitan el estuario emiten entre 4,5 y 7,0 kg S·ha⁻¹·año⁻¹. Las concentraciones registradas superan el límite permisible para áreas sensibles como bosques (2,0 kg S·ha⁻¹·año⁻¹), lo que confirma la presencia de condiciones asociadas a lluvia ácida en los manglares del puerto de Guayaquil.