Las poblaciones amazónicas locales están expuestas a riesgos de contaminación por mercurio (Hg) debido al alto consumo de pescado, un fenómeno influenciado por procesos de biodisponibilidad, bioacumulación y biomagnificación, derivados de fuentes naturales o actividades humanas. Esta investigación tuvo como objetivo determinar la concentración de Hg total en peces clave comercializados y consumidos por comunidades de la Amazonía ecuatoriana, con el fin de proponer recomendaciones de uso. Se recolectaron 151 peces en mercados, centros de acopio y mediante pescadores artesanales y deportivos durante mayo y junio de 2018, representando la captura mínima disponible localmente. Cada espécimen fue identificado taxonómicamente, medido, pesado, registrado por sitio de colecta y se extrajeron entre 2 y 10 gramos de músculo. Las muestras fueron liofilizadas y analizadas en el Laboratorio GET de Toulouse (Francia) mediante espectrofotometría de absorción atómica directa (Milestone® DMA-80). Se identificaron 20 especies, agrupadas en ocho familias de tres órdenes y clasificadas en ocho roles tróficos, mostrando patrones diversos de concentración de Hg según su posición ecológica y talla. El 97% de los Bagres (Pimelodidae), clasificados como carnívoros y carroñeros, superaron en promedio hasta cinco veces el límite máximo de Hg recomendado por la OMS y la EPA-FDA para consumo humano (p≤0,05). Las especies con menor concentración, recomendables para el consumo, se encuentran en las partes altas de las cuencas, mientras que en tramos bajos se observa mayor bioacumulación, con una relación inversa entre altitud y talla de captura. Se concluye que existe contaminación por Hg en los recursos pesqueros amazónicos del Ecuador, especialmente en los Bagres, que enfrentan mayor presión de pesca por parte de los mercados locales. La pesca de subsistencia, en cambio, presenta riesgos variables según el lugar de extracción.