Analizar la distribución geográfica de la diversidad genética es fundamental en la biología moderna, aunque el acceso y la integración de datos espaciales suelen ser técnicamente complejos debido a la dispersión de herramientas bioinformáticas. Para superar esta limitación, desarrollamos BioGeoApp, una aplicación web que automatiza la minería, recuperación, procesamiento y visualización de metadatos genéticos georreferenciados. Construida en R con el paquete Shiny, la herramienta emplea el paquete “rentrez” para interactuar sistemáticamente con la base de datos de nucleótidos de NCBI, permitiendo búsquedas por organismo y/o marcador genético. El núcleo de la aplicación es la función get_metadata, diseñada para extraer coordenadas geográficas, localidades, códigos de acceso, organismos y productos a partir de registros crudos de GenBank. A partir de estos datos, BioGeoApp genera de forma inmediata mapas de distribución genética para la región Neotropical, incluyendo visualizaciones de densidad hexagonal que reflejan patrones de muestreo y áreas de alta o baja concentración de registros. Una característica destacada es la posibilidad de exportar los resultados en múltiples formatos: metadatos en archivos CSV, registros originales de GenBank y mapas vectoriales en SVG, listos para análisis posteriores y publicaciones científicas. En síntesis, BioGeoApp constituye una herramienta eficaz y accesible que simplifica el flujo de trabajo bioinformático, facilita la compilación de bases de datos genéticas georreferenciadas y fortalece el análisis geoespacial en estudios de filogeografía, biogeografía y biología de la conservación.