La simetría bilateral consiste en la disposición de partes iguales de un individuo tomando como referencia el lado izquierdo y derecho al trazar un plano longitudinal. Cuando la simetría en las estructuras se altera, se crea la asimetría. Se han identificado tres tipos: asimetría direccional (AD), asimetría fluctuante (AF) y antisimetría (AS). Las asimetrías no son excluyentes, pudiendo coexistir en la misma estructura. En dípteros puede manifestarse mayoritariamente con AF seguida de AD. En Ecuador no existen estudios que analicen el tipo de asimetría presente en múscidos. Por tanto, el presente estudio analizó el tipo de asimetría en las alas de Limnophora marginata y Phaonia trispila en ecosistemas de bosque seco y bosque húmedo del cantón Pedro Moncayo, con el objetivo de evaluar cómo el tipo de bosque puede influir en la manifestación y nivel de asimetrías. Se empleó morfometría geométrica para analizar la variación del tamaño centroide (CS) y la forma del ala, digitalizando ocho landmarks en alas izquierdas y derechas de 17 individuos de L. marginata y 18 de P. trispila del bosque seco y 17 individuos de L. margina y 17 de P. trispila del bosque húmedo, con un total de 69 individuos. Los resultados mostraron que el CS fue mayor en las moscas del bosque húmedo. La forma del ala agrupó entre especies de cada hábitat. Se identificó AF en las dos especies de cada bosque, mientras que AD solo en L. marginata del bosque seco. Los niveles de AF no difirieron significativamente entre hábitats, pero es mayor en los grupos que habitan en el bosque húmedo. La coexistencia de AF y AD en L. marginata, así como solo la presencia de AF en P. trispila reflejan la complejidad de los mecanismos del desarrollo. Palabras clave: Asimetría direccional, asimetría fluctuante, Limnophora marginata, Phaonia trispila, Pedro Moncayo.