Akodon mollis es una de las 38 especies que pertenece al género Akodon (Cricetidae), siendo uno de los grupos con mayor diversidad en Sudamérica. Su distribución engloba desde las tierras bajas del Pacífico en el norte de Ecuador hasta el occidente de Perú, incluyendo toda la región andina ecuatoriana; estudios sistemáticos sugieren la presencia en el país de dos subespecies: Akodon mollis fulvescens y Akodon mollis altorum. En Ecuador los estudios en su mayoría se han basado en variables craneométricas tradicionales, que utilizan mediciones lineales y ofrecen escasas ventajas al no permitir una visualización gráfica del cambio en la forma. Además, en el caso de los roedores, especialmente del género Akodon, existen pocos estudios que describen variaciones de forma y tamaño utilizando técnicas de morfometría geométrica. De modo que el objetivo fue comparar características craneales en dos subespecies de Akodon mollis a partir de morfometría geométrica. Se fotografiaron y digitalizaron 44 individuos pertenecientes al museo de la colección de mamíferos del IASA-ESPE: Akodon mollis fulvescens (n=22) y Akodon mollis altorum (n=22). Se analizó la configuración y tamaño centroide (TC) en cráneo (dorsal, lateral, ventral, nasal, orbital y paladar) y mandíbula (lateral). Se obtuvieron diferencias entre subespecies para TC (prueba no paramétrica Kruskal-Wallis) en y configuración (prueba F de Goodall a partir de distancias procrusteanas). Este estudio destaca la importancia de la morfometría geométrica como herramienta en la taxonomía integrativa de Akodon mollis. Siendo las regiones nasal (K-W 6.67 p<0.01) y orbital (F 4.93 p<0.001) las que presentan variaciones significativas en tamaño y configuración entre ambas subespecies, estableciendo que, pese a su similitud general, estas presentan diferencias morfológicas. Estos resultados confirman que la morfometría geométrica es una herramienta eficaz para identificar variaciones morfológicas entre subespecies, aportando información clave para comprender sus diferencias y potenciales adaptaciones ambientales.