La ictiofauna de agua dulce del occidente de Ecuador, en el hotspot Chocó-Tumbes, es altamente diversa y endémica y enfrenta fuertes amenazas antropogénicas; este estudio propone evaluar prioridades de conservación más allá de la mera riqueza de especies, incorporando métricas filogenéticas para identificar linajes con valor evolutivo único. Para el estudio se consideraron las principales cuencas del occidente ecuatoriano; se obtuvieron ochenta y un especies con secuencias del gen mitocondrial Citocromo Oxidasa I y se construyó una filogenia mediante métodos de máxima verosimilitud y se calcularon métricas de riqueza, endemismo, diversidad filogenética y endemismo filogenético, además de un índice de endemismo filogenético impactado por la presión humana para localizar coincidencias entre historia evolutiva única y presión antropogénica; se aplicó asimismo un algoritmo de priorización espacial para valorar la urgencia de protección y se evaluó la cobertura del Sistema Nacional de Áreas Protegidas. Los resultados muestran alta correlación entre riqueza y diversidad filogenética, pero revelan cuencas donde la singularidad filogenética supera la riqueza taxonómica, destacando Esmeraldas y Santiago-Cayapas como focos de linajes irremplazables; la cuenca del Esmeraldas emergió como la prioridad máxima por la confluencia de singularidad evolutiva y elevada presión humana y la cobertura protegida en estas áreas es inferior al dos por ciento. Concluimos que integrar métricas filogenéticas y el índice propuesto es imprescindible para conservar no solo especies sino las ramas más singulares del árbol de la vida y así fortalecer la resiliencia ecosistémica.
Palabras clave: Ictiofauna, Conservación, Diversidad filogenética, Cuencas occidentales, Ecuador