La presente investigación se desarrolló en dos sistemas convencionales de producción acuícola ubicados en la región amazónica del Ecuador, específicamente en las provincias de Pastaza y Napo. El objetivo fue caracterizar el estado fisiológico y metabólico de dos especies piscícolas de interés productivo: tilapia (Oreochromis sp.) y cachama (Piaractus brachypomus), cultivadas bajo condiciones tropicales, con el propósito de identificar biomarcadores de estrés y eficiencia metabólica que orienten mejoras en las estrategias de manejo acuícola. Fueron evaluados 40 ejemplares en total, distribuidos equitativamente entre ambas especies (n=20) y dos horarios de muestreo (mañana y tarde), con 10 individuos por especie en cada momento. Las muestras sanguíneas fueron obtenidas mediante punción en la vena caudal, siguiendo protocolos de contención ética que incluyeron el uso de toallas húmedas dobles para minimizar el estrés por manipulación. La concentración de cortisol se determinó mediante Fluorescencia Inmunoenzimática (FIA), mientras que los perfiles bioquímicos fueron analizados por química sanguínea automatizada, considerando parámetros como úrea, creatinina y alanina aminotransferasa (ALT). Los resultados mostraron diferencias fisiológicas significativas entre especies. La tilapia presentó un mayor índice de condición corporal (2,5), niveles elevados de cortisol en horas vespertinas (280 ng/mL), y concentraciones superiores de úrea y creatinina, lo que sugiere una mayor activación del eje hipotalámico-pituitario-interrenal (HPI), metabolismo acelerado y mejor adaptación al sistema de cultivo. En contraste, la cachama registró niveles más bajos y estables de cortisol, un menor índice de condición corporal (1,3), y una actividad ALT más elevada (40 U/L), lo que podría indicar susceptibilidad hepática y menor eficiencia fisiológica. En conclusión, la tilapia mostró un desempeño metabólico más robusto bajo las condiciones evaluadas, evidenciando una mejor adaptación al entorno de cultivo, a diferencia de la cachama que requiere ajustes en manejo y nutrición para optimizar su respuesta productiva en sistemas acuícolas tropicales.