Los peces de agua dulce representan una cuarta parte del total de vertebrados en el planeta. En los últimos años, la diversidad de peces ha sido afectada fuertemente por presiones antrópicas. De esta forma, comprender la diversidad de peces y su distribución en los ecosistemas acuáticos es de vital para la gestión sostenible y la conservación. El uso de la técnica de ADN ambiental (eDNA) en contraste con los métodos directos de captura (pesca eléctrica y trampas) muestra ser una alternativa no invasiva y eficiente para la identificación de peces. Sin embargo, poco se conoce en qué medida ambas metodologías convergen en su capacidad de detección de especies. En la cuenca alta del Río Tena, se realizó dos aproximaciones para el estudio de la diversidad íctica. La primera, se enfocó en caracterizar y comparar la diversidad de peces en charcas y ríos utilizando únicamente la técnica de eDNA. Así, se identificó 34 especies de peces y se encontró mayor diversidad alfa en los ríos. La diversidad beta mostró que existe gran disimilitud en la composición de peces entre charcas y ríos, a pesar de existir algunas especies compartidas. En la segunda aproximación, se comparó la técnica eDNA frente a métodos directos de captura de peces en arroyos para evaluar cuál método es más eficiente en la detección de especies. Se registró 31 especies con eDNA de las cuales únicamente 12 fueron detectadas utilizando métodos directos de captura. De esta forma, la técnica de eDNA mostró ser casi tres veces más efectiva para la detección de especies de peces. Sin embargo, es posible que exista una sobreestimación de especies que no necesariamente se encuentren establecidas en los ríos, pero que su ADN se encuentre presente proveniente de piscinas de acuicultura, como es el caso de especies invasoras como Oreochromis niloticus.