La expansión de la energía hidroeléctrica en regiones de alta biodiversidad, como los Andes ecuatorianos, plantea preocupaciones significativas sobre sus efectos ecológicos. Este estudio analiza la composición de las comunidades de peces y las condiciones del hábitat en los ríos Cristal y Dulcepamba, en la provincia de Bolivar (Ecuador), centrándose en los impactos del Proyecto Hidroeléctrico San José del Tambo sobre el río Dulcepamba. Durante la estación seca (noviembre–diciembre de 2023) se realizaron muestreos en 15 sitios, evaluando la fauna íctica, el entorno físico y la calidad ambiental. Se observó una notable reducción en la abundancia y diversidad de peces en los tramos del río Dulcepamba afectados por la derivación de caudales, con solo tres especies registradas en el sitio más impactado. En contraste, el río Cristal, con un régimen hidrológico poco alterado, presentó hasta 12 especies en un solo sitio. Los índices AAMBI, BMWP, QBR-And e IHF confirmaron mejores condiciones ecológicas en el río Cristal. En el Dulcepamba, la disminución del caudal ecológico, por debajo de los umbrales mínimos, provocó el secado de ciertos tramos y una grave interrupción en la conectividad fluvial y las rutas de migración de peces. Este trabajo aporta evidencia valiosa sobre ecosistemas tropicales andinos poco estudiados, subrayando la urgencia de equilibrar los proyectos energéticos con la conservación de estos ambientes vulnerables.