La contaminación por metales traza en ecosistemas de agua dulce tropicales representa una creciente preocupación para la salud pública, especialmente en regiones donde la pesca constituye un componente esencial de la seguridad alimentaria. En este contexto, el objetivo de este estudio fue evaluar los niveles de metales traza en peces comercializados en la ciudad de Puerto Francisco de Orellana (El Coca), Ecuador, y estimar los posibles riesgos para la salud asociados a su consumo. Se muestrearon 17 especies de importancia comercial en el mercado principal de la ciudad, provenientes de los ríos Napo, Coca y Payamino, y se analizaron 11 metales mediante técnicas estandarizadas de laboratorio. Con base en estos datos, se calcularon siete índices de riesgo para la salud considerando dos escenarios de consumo y referencias internacionales de dosis tolerable. Los resultados mostraron que todas las especies excedieron los valores recomendados para arsénico, mercurio y plomo, y que una especie superó los límites establecidos para aluminio. La concentración de metales presentó variaciones según especie y río de origen: pequeños bagres del río Payamino presentaron niveles elevados de cadmio, cromo, cobre y manganeso, posiblemente asociados a actividades de minería aurífera aguas arriba, mientras que los bagres de mayor tamaño acumularon principalmente mercurio y arsénico. Las simulaciones de Monte Carlo sugirieron riesgos de enfermedades vinculadas a la exposición crónica, aunque la falta de datos demográficos locales limita la precisión de la evaluación en poblaciones vulnerables como niños y mujeres embarazadas. En conclusión, este estudio constituye la primera línea base sobre exposición a metales traza en peces de consumo en el norte de la Amazonía ecuatoriana y resalta la necesidad de implementar estrategias específicas de salud pública y monitoreo ambiental en una región poco estudiada, pero de alta importancia ecológica y social.