Las redes fluviales que se secan albergan tramos intermitentes que dejan de fluir o se secan, y están volviéndose más frecuentes con el cambio climático. Sin embargo, su distribución, especies y procesos ecológicos permanecen poco estudiados en el Neotrópico, limitando nuestra capacidad de predecir escenarios futuros para la biodiversidad. La sequía actúa como un filtro ambiental que reduce la diversidad alfa, ya que se pierden especies que carecen de adaptaciones para resistir y recuperarse de la misma. Además, dado que la sequía genera un mosaico de hábitats que cambian en el tiempo, la diversidad beta puede ser alta en en tramos intermitentes. Para explorar estas dinámicas, analizamos la influencia de factores locales y regionales sobre la variabilidad espacio-temporal de una metacomunidad de peces en el Hotspot de Biodiversidad del Chocó, al noroeste de Ecuador. La diversidad alfa de peces fue menor en los tramos intermitentes tanto en la estación seca como en la lluviosa, mientras que la diversidad beta temporal fue mayor en los tramos perennes. Los ensamblajes de peces fueron distintos en tramos intermitentes y perennes, con composiciones comunitarias estables en los intermitentes, pero más variables en los perennes. Finalmente, el análisis de metacomunidades sugiere que el filtro ambiental fue el principal proceso de ensamblaje comunitario, y en menor grado, la distancia física, pero solo para peces con capacidad de dispersión limitada. Nuestros hallazgos sugieren que la variabilidad de las comunidades de peces resulta de la sequía estacional, las preferencias específicas de hábitat y las capacidades de dispersión, confirmando parcialmente hipótesis previas sobre la diversidad de peces en redes fluviales que se secan.