Los flancos orientales de la cordillera de los Andes en Ecuador son zonas de alto endemismo y diversidad. Las ranas de desarrollo directo del género Pristimantis (Strabomantidae) representan el grupo de vertebrados más diverso en los Andes, con nuevas especies descubiertas en ecosistemas nublados y montanos. Esta investigación tuvo como objetivo inferir la posición filogenética y analizar posibles especies crípticas entre las ranas Pristimantis de la Reserva Biológica Colonso Chalupas (RBCC), una de las áreas menos exploradas de los Andes del norte de Ecuador. Se extrajo material genético de tejido de especímenes previamente identificados morfológicamente. Se amplificaron tres marcadores moleculares mitocondriales (12S, 16S y COI) y uno nuclear (RAG1). Se descargaron todas las secuencias disponibles para estos marcadores de la base de datos Genbank y se alinearon en una matriz concatenada. Se determinaron los modelos óptimos de sustitución nucleotídica y se construyó un árbol de Máxima Verosimilitud usando 1000 iteraciones de Bootstrap y SH-aLRT para valores de soporte en los nodos en IQTree. Los resultados muestran que 8 de las 16 especies previamente identificadas se agrupan en linajes distintos a los asignados morfológicamente. Además, se identificaron 18 linajes en la filogenia, lo que evidencia altos niveles de diversidad críptica y una subestimación de la riqueza de especies dentro del género. Destacamos la importancia de usar marcadores moleculares para corroborar la identidad de especies, especialmente en linajes sospechosos de albergar grupos crípticos como Pristimantis. Su uso permite una mejor comprensión de la diversidad y endemismo, especialmente en regiones poco exploradas como la Reserva Biológica Colonso Chalupas.