Heliconius erato, una mariposa tropical neotropical conocida por sus comportamientos complejos de aprendizaje y memoria, representa un modelo emergente para estudios neurobiológicos. Sin embargo, los mecanismos epigenéticos subyacentes a estos comportamientos permanecen desconocidos debido a la ausencia de tecnologías capaces de resolver la metilación nativa en genomas de insectos. Oxford Nanopore Technology (ONT) permite la detección directa de modificaciones epigenéticas sin tratamientos químicos, ofreciendo una resolución superior para el análisis de metilación en genomas complejos. Este estudio evaluó el efecto del inhibidor de metilación RG108 sobre los patrones de 5-metilcitosina (5mC) y 5-hidroximetilcitosina (5hmC) en tejido cerebral de Heliconius erato lativita. Se utilizaron 20 individuos criados en condiciones controladas en el mariposario de la Universidad Ikiam, divididos en grupos control y experimental (n=10, 5♂/5♀ cada uno). El grupo experimental recibió RG108 (2mM tópico 2x/día + 3mM en dieta) durante 7 días, mientras que el control recibió vehículo (PBS 1X+1% DMSO). Se extrajo ADN de alto peso molecular del cerebro central excluyendo lóbulos ópticos y se secuenció mediante ONT. Los datos fueron procesados con minimap2 contra un assembly de novo de Heliconius y analizados con ont-modkit para cuantificar sitios de metilación. El análisis de ~10,000 reads por muestra mostró una calidad de mapeo del 93.79%. El grupo control presentó 8,431 sitios 5mC (0.228%) y 32,843 sitios 5hmC (0.888%). El tratamiento con RG108 indujo una reducción del 6.48% en 5mC y 3.26% en 5hmC, confirmando hipometilación cerebral inducida por el inhibidor. Actualmente se desarrollan análisis diferenciales por sitio y región para identificar loci específicamente afectados. Este trabajo representa la primera aplicación de secuenciación nativa de metilación en mariposas tropicales, estableciendo las bases metodológicas para futuros estudios que vinculen perfiles epigenéticos con comportamiento.