Este trabajo aborda la escasa evidencia de transferencia horizontal de genes mediada por Agrobacterium en especies nativas amazónicas y tuvo como objetivo estandarizar y validar un protocolo molecular con cebadores ipt y orf13 para detectar huellas de ADN de transferencia (ADN-T) en plantas de la Amazonía ecuatoriana. Se realizó en Tena (Napo), recolectando hojas jóvenes de 20 especies pertenecientes a 11 órdenes, .El ADN se extrajo por el método CTAB modificado, se cuantificó por espectrofotometría (Nanodrop), se estandarizó la reacción en cadena de la polimerasa (PCR ) mediante gradientes de alineamiento con genes ipt y orf13, y se visualizó en gel de agarosa al 1%. Los amplicones se secuenciaron por Sanger y se compararon con BLASTn local. El protocolo fue reproducible y sensible: varias especies mostraron bandas del tamaño esperado (colocar un aproximado de pb) y secuencias con identidades altas y valores E bajos no compatibles con regiones homólogas a ipt, orf13 y con segmentos sin anotación cercana a regiones vinculadas al ADN-T Las coincidencias fueron con órdenes como Fabales, Lamiales, Malpighiales y Myrtales. Los resultados de la PCR se atribuyeron a posibles inhibidores de la amplificación. Se concluye que la estrategia estandarizada propuesta constituye un método preliminar para la identificación de transferencia genética natural en flora amazónica se recomienda realizar con análisis de regiones flanqueantes, ensayos cuantitativos de alta resolución, filogenómica comparada y pruebas funcionales para evaluar estabilidad e impacto adaptativo.