En Ecuador se inicio la producción continua de Penaeus vannamei, camaron patiblanco en manglares de la provincia de El Oro en 1969. Actualmente el camarón patiblanco es el recurso acuícola mas producido a nivel global y Ecuador que produce prácticamente el 70% de los camarones americanos es el país que ostenta la mayor conversión de manglares a camaroneras del continente. El presente estudio muestra los efectos e impactos de diferentes ocurridos en diferentes proporciones de manglares y camaroneras en 4 sectores de estudio en las dos mayores reservas de manglares de Esmeraldas, REMACAM y MUISNE analizando tanto la calidad del agua, de sedimentos y describiendo ensambles bentónicos que fueron analizados mediante índices bentónicos de condición ecológica de uso internacional. Los resultados muestran incrementos de Amonio, Fosforo total, Clorofila "a", nitrato, fosfato y oxigeno disuelto en aguas receptoras de efluentes camaroneros, además del incremento de amonio y pH en sedimentos, los que pierden materia orgánica y contenido de nitrógeno total afectando los roles de sumidero de carbono y nitrógeno en remanentes de manglares. Los ensambles bentónicos muestran disminuciones de diversidad y detrimento de estado ecológico de acuerdo a los índices AMBI, M-AMBI, BENTIX y BOPA. Finalmente se sugieren mejoras para la monitorización ambiental de estuarios con manglares