La planta Annona muricata L. (guanábana) se encuentra adaptada a condiciones subtropicales en Ecuador, lo que ha permitido seleccionar variedades de alta productividad y calidad de fruto. Sin embargo, este cultivo se ve afectado por enfermedades fúngicas que se intensifican principalmente en épocas de lluvias. El objetivo de esta investigación fue caracterizar morfológica y molecularmente los hongos patógenos responsables de causar enfermedades, mediante técnicas de tinción, PCR y secuenciación de ADN. La recolección de las muestras de hojas, flores, tallos, corteza y frutos con infecciones fúngicas se realizó en la Finca Agroecológica Yolita, ubicada en la comunidad Vicente de Apayacu. Para la caracterización morfo-cultural, se aislaron los hongos en medio de cultivo Agar Rosa Bengala hasta obtener aislamientos axénicos y se realizó tinción con azul de metileno al 1%. La identificación molecular se llevó a cabo mediante PCR utilizando los espaciadores intervenidos transcritos ITS1, ITS2 e ITS4 y secuenciación. Como resultado, se logró identificar hongos filamentosos color blanquecino con micelio de textura elevada, del género Fusarium, específicamente Fusarium solani-melongenae (Porcentaje de Identidad 100%), Fusarium pseudensiforme (P.I. 100%), Fusarium concolor (P.I. 98.85%) y Fusarium equiseti (P.I. 100%). Así mismo, se identificó el hongo filamentoso de textura espesa blanquecina correspondiente a Colletotrichum sp. (P.I. 98.64%) y el hongo filamentoso con textura elevada de micelio grisáceo Lasiodiplodia theobromae (P.I.100%). La investigación beneficiará a los agricultores locales al ofrecer diagnóstico preciso y temprano, contribuyendo a una agricultura más sostenible en la región y la seguridad alimentaria.