La diversidad filogenética (DP) mide las diferencias evolutivas entre especies en una comunidad, proporcionando una visión integral de sus relaciones evolutivas y su influencia en el funcionamiento de los ecosistemas. Este enfoque resulta crucial para entender la resiliencia, productividad y las interacciones ecológicas. Sin embargo, en regiones megadiversas como la Amazonía ecuatoriana, la información sobre la DP de reptiles del orden Squamata es limitada debido a la presencia de especies crípticas, desafíos logísticos para el muestreo y subestimaciones en los inventarios de biodiversidad. La Reserva Biológica Colonso Chalupas (RBCC) es un área ecológicamente diversa, con ecosistemas que van desde tierras bajas amazónicas hasta páramos, abarcando un gradiente altitudinal único. Estudios previos destacan que Ecuador alberga el 4.3% de la diversidad global de reptiles, con 512 especies de Squamata, de las cuales 175 son endémicas. Sin embargo, faltan investigaciones exhaustivas que integren herramientas modernas como la secuenciación de ADN para evaluar la DP en esta región. El estudio de la DP en Squamata puede mejorar nuestra comprensión sobre las contribuciones ecológicas de estas especies, como la dispersión de semillas, el control de plagas y el flujo de energía en los ecosistemas. Además, al identificar especies crípticas, se revelan patrones evolutivos más complejos y precisos, esenciales para estrategias de conservación efectivas. La RBCC representa una oportunidad única para explorar estas lagunas de conocimiento y abordar preguntas fundamentales: ¿Qué tan completo es el inventario de Squamata en la reserva? ¿Existen subestimaciones de la DP? ¿Cómo varía la DP entre sus ecosistemas? Responder a estas preguntas contribuirá no solo al conocimiento regional de la biodiversidad, sino también al fortalecimiento de estrategias de conservación y al desarrollo de actividades sostenibles como el ecoturismo y la educación ambiental. La investigación en la RBCC es clave para valorar su biodiversidad única y promover su conservación a largo plazo.