Los murciélagos son uno de los grupos más diversos y abundantes en Ecuador, con 171 especies registradas en el país. Sin embargo, se consideran amenazados por diferentes factores ambientales y antrópicos, entre ellos la deforestación, la alteración de ecosistemas subterráneos, el uso de pesticidas, entre otros. Se consideran 30 especies de murciélagos bajo diferentes estados de amenaza, según la lista roja de mamíferos del Ecuador. El estudio de los murciélagos es de gran interés debido a los roles ecológicos que cumplen en los ecosistemas, entre ellos, la polinización, dispersión de semillas y control de plagas. Además son utilizados como bioindicadores de calidad de hábitat, haciendo de su monitoreo una estrategia de conservación clave dentro de ecosistemas vulnerables. Existen diferentes técnicas para el monitoreo de murciélagos, entre las más utilizadas son las redes de niebla y el monitoreo bioacústico. Por otra parte, el ADN ambiental ha sido usado únicamente como técnica complementaria, dada la limitada información que existe al respecto en el Neotrópico. El objetivo de esta investigación es aportar información novedosa sobre la proporción de especies detectadas a través de las técnicas de ADN ambiental en comparación con las obtenidas mediante el uso de redes de neblina. Asimismo se busca identificar la diversidad existente en cada una de las cavernas y comparar con los resultados obtenidos de monitoreos en años anteriores, con el fin de evaluar el estado actual de estos sitios. El área de estudio elegida para el desarrollo de este proyecto serán cuatro cavernas ubicadas en los bosques montanos de la provincia de Napo, las cuales pertenecen al sistema de Áreas y Sitios Importantes para la Conservación de Murciélagos, establecida por la Red Latinoamericana y del Caribe para la Conservación de los murciélagos (RELCOM). Estos lugares son utilizados como sitios estratégicos para asegurar la conservación y permitir el desarrollo de procesos ecológicos de murciélagos, y por tanto, la eficiencia en el monitoreo es clave para poder conservar a este grupo de mamíferos.