El uso de plantas medicinales constituye uno de los mecanismos alternativos ante el tratamiento de diversas patologías que afectan a la sociedad y en especial a aquellas comunidades que aún mantienen sus costumbres. Tan solo una pequeña parte de la población trata sus enfermedades con medicina tradicional, debido a que algunos principios activos en plantas actúan de manera eficiente ante el problema. La región tropical es una de las regiones con mayor abundancia y diversidad en plantas de interés medicinales, algunas de estas especies vegetales son conocidas por la mayoría de la población y otras solo por ciertas comunidades. En este trabajo se caracterizó químicamente los extractos de dos especies vegetales con múltiples beneficios y actividad antimicrobiana. Las especies vegetales fueron colectadas en la parroquia Muyuna y el sector de alto Tena, se hizo una comparativa de rendimiento al usar extracto seco y liofilizado en el proceso de macerado en metanol de las hojas de Kalanchoe pinnata y Witheringia solanacea, rendimiento comprobado durante la caracterización con el sistema UPLC y CG. Además, se logró confirmar la presencia de flavonoides, alcaloides, polifenoles, saponinas y cumarinas durante la marcha fitoquímica realizada y la presencia de actividad antimicrobiana considerable en cepas resistentes. Estas plantas de interés medicinal presentaron principios activos de interés farmacéutico.